La 2007-08, tras un comienzo complicado el Badajoz apuesta por el pacense Job, exjugador de Espanyol y Betis, camisetas de futbol que da un cambio al juego del equipo conectando con la afición y haciendo disfrutar sobre el césped. La temporada finalizaba bien, con el objetivo cumplido, pero el club se jugaba algo más en ese concurso de acreedores, se jugaba la supervivencia, todo dependía de dicho acuerdo que se daría a conocer el 19 de junio, la afición se volcó con varias manifestaciones en apoyo al club, pero las instituciones ya le había dado la espalda, el 19 de junio de 2012 se dictaba sentencia, Hacienda y Seguridad Social rechazaban el concurso, evitando la firma del convenio y se decretaba la liquidación del club, sentencia que sentó precedentes ya que hasta la fecha ningún club del fútbol español se le había rechazado dicho convenio, Hacienda y Seguridad Social acababan con un club Histórico, que poco a poco se iba muriendo, ponían fin a 107 años de Historia, al Decano del Fútbol Extremeño, produciendo una gran conmoción y tristeza en la ciudad. A principios de la temporada 2008-09, Eloy Guerrero llega a un acuerdo con un grupo de personas relacionadas con el deporte para que se hagan cargo de la gestión del club durante 3 temporadas, con Antonio Guevara como presidente de la Gestora.
Una vez en Tercera, Eloy Guerrero llega a un acuerdo para la compraventa del C.D. En esta nueva temporada se produce un cambio accionarial, Eloy Guerrero que formó una directiva propia ese verano con personas procedentes de anteriores directivas, vende sus acciones en el mes de noviembre a un grupo de gestión de empresarios relacionados con el fútbol encabezados por el empresario Carlos Uriarte, quien ya fuera presidente en las temporadas de 1979 a 1982. Además, como personas importantes en el club, entran inicialmente Jaume Llauradó, José Luis Burgueña y el ex ciclista profesional Mauro Gianetti, encargado del área de marketing del club. Badajoz con el empresario y presidente de AD Cerro de Reyes, Antonio Olivera Méndez «Cachola». El Badajoz ha tenido destacados presidentes durante su dilatada, sufrida y exitosa trayectoria: el reconocido conductor argentino Marcelo Tinelli, Miguel Ávila, Augusto Marzal, Luis Bermejo, Francisco Reina, Jesús Carrillo, Antonio Ballesteros, Vicente Folgado, Antonio Guevara, Félix Castillo, Adelardo Rodríguez, equipacion liverpool 2025 entre otros.
Todos los técnicos han sido europeos salvo Osvaldo Ardiles, y el director técnico Mauricio Pochettino quien fue entrenador del equipo hasta su marcha el 19 de noviembre de 2019, la gran mayoría, británicos, y Antonio Conte ahora siendo el primer y único entrenador italiano en dirigir el club. Durante la temporada 2011/2012 el club logró salvarse del descenso a 3.ª División a falta de 2 jornadas, fue una temporada marcada por problemas institucionales, deportivos y económicos que dieron lugar a diversos motines de jugadores en el vestuario y el entrenador por retrasos en los pagos de sus nóminas, el entrenador Víctor Torres Mestre fue el primero en abandonar el barco tras una rueda de prensa bochornosa a mitad de temporada, le sustituyó su segundo, Moisés Arteaga que en ningún momento estuvo a la altura del club y encadenó una racha de derrotas históricas, abocando al club a la lucha por la permanencia, finalmente fue cesado a 5 jornadas del final, y fue sustituido por Alberto Monteagudo que logró al llegar enderezar el rumbo del equipo, consiguiendo cuatro victorias en los últimos cinco partidos, logrando la permanencia a falta de dos jornadas del final y firmar un fin de temporada tranquilo.
La Plataforma de aficionados Club Deportivo Badajoz Historia Viva, peleó todo lo posible por mantener vivo el club, se organizaron manifestaciones a las puertas del Ayuntamiento, pero de nada sirvió ya, la propiedad en manos de Carlos Uriarte e Íñigo Landa decidió no seguir adelante y tomó la decisión de no inscribir al equipo en 2.ª B, ni pagar lo que adeudaba a los jugadores y empleados, ya que la orden de liquidación pesaba demasiado para salir a competir y por miedo a que se liquidara el club a mitad de temporada, finalmente el Club Deportivo Badajoz SAD dejaba de existir, y con él, la ciudad de Badajoz perdía a su equipo de fútbol más querido y representativo. Finalizada la temporada, en la liga regular batió récords, siendo el club en categorías nacionales con mejores registros, con 101 puntos y 109 goles a favor. El récord de victorias del Tottenham en la liga es un 9-0 contra el Bristol Rovers en la Segunda División, el 22 de octubre de 1977. La victoria récord del club en la Copa se produjo el 3 de febrero de 1960, con un 13-2 sobre el Crewe Alexandra en la FA Cup. ↑ El Espectador (26 de octubre de 2016). «Tres goles de Miguel Ángel Borja ponen a Nacional en semifinales de la Sudamericana».