Sin embargo, camisetas de baloncesto replicas sería la única victoria que el equipo de Filadelfia pudo obtener en estas Finales de la NBA. Con los Sixers venciendo por 88-87, Carter falló el lanzamiento final para enviar a los Philadelphia 76ers a las Finales de Conferencia frente a los Milwaukee Bucks. En el primer encuentro, los 76ers desperdiciaron una ventaja de 18 puntos y perdieron 79-78, cuando Reggie Miller encestó un triple en los segundos finales. Los 76ers obtuvieron de Sacramento Kings jugadores con amplios contratos a cambio de prácticamente nada, pero recibiendo también el derecho a intercambiar las elecciones de draft con los Kings. En el draft de 2018 los Sixers eligen a Mikal Bridges en la décima posición con la elección obtenida más de tres años atrás con el traspaso de Carter-Williams. Ayers duró 52 partidos al frente del equipo, pues fue despedido cuando el equipo llevaba un récord de 21-31. Chris Ford tomó su lugar, pero los Sixers terminaron la temporada 33-49, faltando a los playoffs por primera vez en seis años. En su primera aparición en playoffs tras seis años, los 76ers derrotan a Miami Heat en primera ronda por 4-1. En Semifinales de Conferencia se enfrentaron a los sorprendentes Boston Celtics, quienes, sin sus dos mejores jugadores, pudieron vencer en cinco partidos a los filadelfianos liderados por sus jóvenes promesas, incluyendo la tercera elección del draft de 2017 que Philadelphia había dejado escapar.
Para la 2009-10, el veterano Doug Collins fue nombrado nuevo entrenador después de siete años alejado de los banquillos y Evan Turner fue elegido en el Draft de la NBA de 2009. Pese a un esperpéntico inicio de 3-13, los 76ers remontaron hasta lograr un récord de 41-41 y clasificándose para los playoffs. Los filadelfianos acabaron 34-48 y fuera de la postemporada por primera vez desde que Collins pasó a ser entrenador del equipo. El 6 de febrero de 2019, Wilson Chandler, Mike Muscala y el novato Landry Shamet son traspasados a Los Angeles Clippers junto con dos elecciones de primera ronda y dos de segunda. En agosto de 2012, los 76ers formaron parte del traspaso a cuatro bandas que llevó a Dwight Howard a Los Angeles Lakers; enviando rondas y elecciones de draft y Nikola Vučević a Orlando Magic y a Andre Iguodala a Denver Nuggets, los Sixers obtuvieron al pívot Andrew Bynum procedente de Los Ángeles y a Jason Richardson desde Orlando. Al final de la temporada, las 56 victorias obtenidas por el equipo eran compartidas con Los Angeles Lakers como la segunda mayor cantidad de la liga detrás de las 58 de San Antonio Spurs, sin embargo, los Lakers se clasificaron por encima de ellos.
Al término de la temporada fue incluido en el mejor quinteto de la liga. Unos días antes del All Star Weekend, Theo Ratliff fue dado de baja por el resto de la temporada a causa de una lesión en la muñeca. 20 de septiembre: En un discurso ante una sesión conjunta del congreso y al pueblo estadounidense, el presidente George W. Bush, declara una «guerra contra el terrorismo». Iverson tuvo una temporada rookie espectacular, llegando a anotar 50 puntos ante Cleveland Cavaliers y convirtiéndose en el segundo jugador más joven en anotar 50 puntos o más después de Rick Barry, ganando el trofeo a Rookie del Año de la NBA; esa temporada también pasó a la historia por la icónica jugada de Iverson ante Michael Jordan. El equipo acaba con un global de 18-64, el tercer peor récord de la NBA y el segundo peor de su historia. Debido al bajo rendimiento del equipo, el entrenador Maurice Cheeks fue despedido en diciembre y fue reemplazado por su asistente Tony DiLeo, con quien mejoraron y finalizaron la campaña con un récord de 41-41. En primera ronda de playoffs se vieron las caras con los Orlando Magic, a la postre finalistas de la NBA, cayendo eliminados por 4-2 tras llegarse a adelantarse en la serie ganando dos de los tres primeros encuentros.
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